文化四丁卯年の創建である。祭神玉依姫命が水田を開き稲を作り、食生活を潤した御神徳を称え奉って、宝満池の畔の今の浄地に奉斎したものである。

島内各地で籾の付いた弥生式土器が出土し、天武天皇十年(六八一)には島の状況として、「粳稲常に豊なり、一たび植て両び収む」(日本書紀)と記され、当社縁起にも「種子島は日本における稲作の始まりの地」とあって、当社では今でも稲の原種ともいわれる「赤米」を神田で作っている。